第三道旨意，将日月龙旗做为所有军团的帅旗，日月龙旗，纯黑为底，庄严肃穆，中间是一条金黄的五爪金龙，和他龙袍上的一模一样，左右上角分别是日月图案，军团等级的不同，日月图案也不一样。
一等军团日月同辉，太阳是火红色的，月亮是银白色的；
二等军团日盈月缺，太阳是火红的太阳，月亮是个只有银边中间是空的；
二等军团月盈日缺，太阳是一个火红色的圈中间是空的，月亮是银白色的。
日月龙旗，大明军队的图腾，这是后世的史学家一直在研究的一个课题，他们不明白为什么一面旗帜能让大明军队如此狂热。龙旗所到之处，明军立即像吃了狂化药剂一样英勇无畏，悍不畏死，甚至到后来，大明的敌人一看到龙旗就会惨嚎：
“天啊，日月龙旗，是大明帝国的正规军团，快跑。”
“俄滴肾啊，日月龙旗，是大明的主力，别开枪，别开枪，我们投降。”
“噢，买糕的，日月龙旗，日月同辉，是大明帝国一等军团，我们完了！”
......这些都是后话，暂且略下不表。
朱慈炅的第四道旨意就是划分军团了，在军团的定级上他并没有徇私，而是根据历次大战的战绩公平划分：
天雄军，面对贼寇主力毫不畏惧，勇往直前，一战击败贼寇势力最大的王嘉胤军团，歼敌三万余，俘虏四万余；二战击败贼寇联军主力，歼敌五万余，俘虏十万余，是当之无愧的精锐之师，定为大明一等军团，授日月龙旗，日月同辉，主将卢象升，升任提督，正一品武将衔。
禁卫军第一军团，在建奴第一次偷袭京师战役中，击败建奴攻城大军，护卫了京城安全；在辽东大捷中击退建奴主力，并参与盖州攻城战，战功卓绝，定为大明一等军团，授日月龙旗，日月同辉，主将秦良玉，继续任提督，正一品武将衔。
秦军，在陕西剿贼战斗中表现优异，在辽东大捷中表现同样优异，定为大明二等军团，授日月龙旗，日盈月缺，主将孙传庭，升任提督同知，从一品武将衔。
关宁军，在辽东大捷中表现同样优异，定为大明二等军团，授日月龙旗，日盈月缺，主将曹文诏，升任提督同知，从一品武将衔。
辽东军，在辽东大捷中表现同样优异，定为大明二等军团，授日月龙旗，日盈月缺，主将满桂，升任提督同知，从一品武将衔。
禁卫军第二军团，暂无参战记录，定为大明三等军团，授日月龙旗，月盈日缺，主将史可法，升任提督佥事，正二品武将衔。
东江军，缺乏参战记录，定为大明三等军团，授日月龙旗，月盈日缺，主将毛文龙，升任提督佥事，正二品武将衔。
其他军队暂不定级，待辽东大战后再组建军团。
这些军团，除了禁卫军第二军团都将将参加来年的辽东收复战，所以成为第一批整顿的军团，秦军、关宁军、辽东军、东江军都远在辽东，朱慈炅现在还无法彻底整顿，只能先将旨意传给孙承宗，让他做好前期的准备工作，待来年开春便可迅速整顿，投入战斗。
现在，主要整顿的是天雄军、禁卫军第一军团和禁卫军第二军团，首先是各军将领的任命，禁卫军第一军团和禁卫军第二军团倒还好办，原班人马都没动，只要按职位和军功排下去就行了。
天雄军变动就比较大了，总兵曹文诏已经被他升为关宁军主将，朱慈炅最后选定徐弘业和张立位为新任总兵，其他将领再根据军功依次晋升，他们以后都是专业的将领了，不会说一打完仗就各奔东西，像个过客一样对所率的军队没有一点归属感。当然这还只是第一步，后面还要慢慢的建立健全军规军纪，加强操练，在实战中检验等等。
各军团将领都确认完毕以后就是是隆重的授旗仪式了，朱慈炅选了个黄道吉日，将卢象升、史可法还有遵化到京城沿线各城守军的将领全部招到京城，然后将胜利广场布置了一番，并集结了禁卫军第一军团的五万精锐，在京城数十万百姓的见证下亲手将日月龙旗交到秦良玉、卢象升和史可法手中。
这是历史性的一刻，从此日月龙旗横空出世，伴随大明雄师横扫全球。
日月龙旗，壮我士气，大明雄师，天下无敌！