方原安抚了所有官员、士绅、富商、百姓后，在应天府府衙留驻了下来。
五日间，秦展所率的锦衣卫效率非常的高，审查吕大器勾结钱谦益一案已有了实据，从吕大器的府里搜出了大量和钱谦益的通信。在三封通信上，确实有涉及南京城联系尼德兰人购买火炮、火器的消息。还有一封信的内容更为火爆，就在之前松平信纲率倭兵入侵时，钱谦益曾递交书信给吕大器，要求南京城配合倭兵入侵的行动，出兵攻打常州、镇江二府。
这几封私人书信一出来，本还以清流自居的吕大器通红毛子、通倭的罪行是证据确凿，根本无需再令吕大器画押，便可以定罪。
秦展令锦衣卫书写好罪状，直接呈到了方原的面前。因吕大器只有通倭的书信，并没有付诸实施，而且此人素无大恶，历史上也没有投降满清的劣迹。
方原也就酌情留了他一命，判了吕大器全族三百口人全流放至福建。既然吕大器和钱谦益交好，那就带着家人去福建和钱谦益团聚吧！
惩处了勾结钱谦益的吕大器，端正了南京衙门的官风后，方原又将信访制度引入了南京城，像南京城这种百万人口以上的江南第一重镇，直接派驻了三百锦衣卫进程进行监控。
经过半个月的全面接管工作，南京城无论军政事务，还是商业活动，百姓的民生都已彻底恢复了正常，大街上也再见不到半点战争后的痕迹。
方原在顺利的接管了南京城后，就将目光对准了南京城唯一的军事力量威胁南京城南一百里采石矶驻扎的六、七万马、刘联军。这支联军数量不少，离南京城太近，只需要两日就能杀到南京城下，乃是心腹之患，不能不定点剿灭。
之前方原令赵全忠埋伏了五千骑兵在南京城到采石矶的要道上，以待马士英、刘良佐趁机攻打南京城。但他却高估了马、刘二人的勇气，赵全忠的五千玄甲铁骑等了三日三夜，也没见到一个北上的明军，只能无奈的退回了南京城复命。
对付这支不同归属的联军，方原决定采用分化为主，军事施压为辅的策略。马士英是个典型的死硬顽固派，不指望他会回心转意，公关的主要目标就放在无论是之前，还是历史上，都在摇摆不定的军阀刘良佐身上。
方原先是派出了赵全忠的五千玄甲铁骑，还有冯廷的五千步战营军士，行军至离采石矶二十里处扎营，驻军不前。
然后派人向驻扎在采石矶的刘良佐发去了劝降书，责令刘良佐的军队十日内接受改编，否则与马士英同罪。
南京城失陷的消息，还有方原的劝降书传到采石矶后，马士英、刘良佐这对盟友之间爆发了激烈的争吵。
马士英严令刘良佐一同出兵，趁着玄甲军在南京城立足未稳，还要分兵驻守龙江码头、龙江造船厂，趁机收复南京城。
而刘良佐却有着自己的小算盘。之前他对马士英言听计从，那是因为马士英掌握着三府的明军，还被任命为南京城的总督，跟着马士英，便能保住自己在池州、徽州的独立地位。
但马士英如今已是丧家之犬，在采石矶的明军不过两万，只有刘良佐一半的兵力，要对抗方原，甚至收复南京城，必须由刘军来当主力，马士英就是拿他的军队来当枪使了。
对于刘良佐这种半割据的军阀来说，因本身的基本盘太小，根本不可能有太远大，不切实际的理想。唯一的想法就是能当几日土霸王算几日，若当不了土霸王，就尽快择主而降，以交换个体面的结局。
刘良佐麾下的四万军队就是他的命根子，也是他赖以生存，谈判的筹码。若再与方原对抗拼了个干干净净，刘良佐连体面投降的机会也没了。
面对方原、左梦庚的两路进攻，刘良佐也知道南直隶是彻底保不住了，留在采石矶，随时可能遭到玄甲军的猛烈打击，不如趁早回池州，保存实力，再与方面周旋投降之事。
他借口马士英在南京城荼毒百姓，受了马士英蒙骗为由，发表了一通冠冕堂皇、义正言辞的演说后，立刻率四万军队回了池州府，甚至还派兵封闭了池州、应天府的边境，以示和马士英划清界限，绝不会和方原为敌的态度。
至于和方原谈判投降的事宜，刘良佐先心存侥幸的提出可以投降，甚至应允按照池州、徽州的土地数量，如实的向方原缴纳田赋。唯一的要求就是保留军队编制，不接受方原的任何改编。
方原所过之处，有两个硬性条件，才会准予投降。
一是军队必须经由玄甲军的挑选后，改编进卫所；二是必须引进信访制度，接受锦衣卫的监控。
刘良佐的这种投降条件，就是想在池州、徽州当个土霸王，方原想都不想便回绝了，再次令山陕商帮带去了消息，答应可以令刘良佐继续担任池州、徽州二州的总兵，但必须交出政务，军队接受改编。
刘良佐一时也不愿轻易的交出兵权，还想再观望观望，至少要等朝廷表明了对南京城失陷的态度，再决定是不是接受方原的改编。
他也就和方原玩起了重病在床的那一套把戏，直接令夫人出面向方原的使者回复，突然中了风，昏迷不醒，以拖延时间。
方原也不去揭穿、催促他，只要他能保持中立，老老实实的呆在池州、徽州，也是方原眼下能接受的局面。
刘良佐的大军撤退之后，马士英在采石矶是独立难支。
进不敢进，长