儒学院，承担之前寻常书院的教育职责，专门培训参加科举考试的学子，老师则经冒辟疆的推荐，聘请的复社大儒，还有一些有声望的文人。
军事学院，专门为玄甲军培养军官人才的摇篮，比照的是黄埔军校的标准。开设骑战、步战、炮战、无人机战队、水师、后勤等各门学科。老师则由景杰负责安排玄甲军里有理论基础的文职人员担任，学期两年，毕业之后由玄甲军组织统一考试，合格后进入玄甲军任职。
军工学院，专门为常熟军工厂培养军工生产方面的人才。开设火枪、火炮、火药、子弹、冶金铸造、矿学等专业。老师由军火、冶金专家毕懋康、汤若望，还有军工厂专业工匠轮流担任。学期两年，毕业后由军工厂统一考试，合格后进入军工厂任职。
刑侦学院，专门为锦衣卫培养人才的学院。开设大明律、刑侦、追踪、法医学、火枪使用、马术等专业。由锦衣卫派出专人前去指导教学。学期两年，毕业后由锦衣卫统一考试，合格后进入锦衣卫任职。
商学院、会计学院则是专门培养商业方面人才的学院。主要面向府衙、州县的小吏，洞庭商帮、还有徐华成立的苏州商会等商会培养的专业人才，由这些商帮、商会安排专家进入学院培训，学期两年，毕业后由府衙、州县选拔从事衙吏的工作，或是商帮、商会安排就业。
如今的江南大学堂，已彻底打破之前书院只教授四书五经，典史经籍，诗词歌赋的纯文科类教学。而是文理兼备，文武俱到，只有经过专业大学堂培训出来的专业人才，才能更好的从事专业工作。
同时更是拓宽了底层百姓进入朝廷公职部门的渠道，之前只有科举，或是花钱成为衙门的胥吏。如今则可以选择通过其他学院，进入军队、军工厂、锦衣卫等相关部门工作。
方原还亲自出席了江南大学堂的开业典礼，作为新兴的官方教学机构，又是在刚刚平定的常州府，便安排了五十个锦衣卫进行专门的护卫。
安置了流民，江南大学堂也步入了正轨，方原接下来的目标，就是四府里最后一府-扬州府！