足利义昭认为上杉家拥兵占据大半东国地区，其麾下家臣郎党也骁勇善战，担任上杉家家宰的藤原朝定更是“久怀异志”，若是继续放纵下去，很有可能会对幕府不利。随后，足利义昭便不听织田信长、浅井长政、等有力大名、幕臣们的劝告，在剥夺上杉谦信、藤原朝定、宇佐美定满、柿崎景家、上杉景满等人的役职以及大封与上杉家为敌的大名之后仍然不打算收手，令藏匿于东海道的上杉融尊（上杉富朝次男，上杉规富之弟，宅间上杉，鹤冈八幡宫净国院僧）、上杉尊纯（上杉富朝三男，上杉规富之弟，宅间上杉，鹤冈八幡宫净国院僧）、上杉吉次（深谷上杉，上杉氏宪之弟，上杉宪盛三男）等人出仕堀越公方，并且将上杉融尊替换谦信担任关东管领，上杉尊纯任命为关东管领代，上杉吉次任命为下总守护。希望堀越公方家、深谷上杉家、武田家、小田原伊势家等与上杉家为敌的势力能够遏制上杉家的发展，尽可能的将上杉家蚕食鲸吞。
但是，足利义昭并没有料到一场针对他的危机正朝着他迅速袭来。
织田信长在永禄四年初，奉将军足利义昭上洛时，迅速击溃了三好三人众方的军势，扫荡他们在山城国、河内国、摄津国等地的领地，迫使三好三人众与三好康长等人败逃回阿波国、讃岐国等地。因此，三好三人众与三好康长、篠原长房等三好方势力便趁着织田信长、浅井长政等人离开京都返回各自的居城之时，于永禄四年，二月五日，纠集原美浓守护斋藤龙兴及其旧臣长井道利（原斋藤义龙侧近、原斋藤义龙家老、原美浓守护代、斋藤龙兴后见役、斋藤道三养子、原金山城城主）、长井道胜（长井道利长子）、深泽定政（原斋藤义龙旗本众）、福光赖国（原斋藤义龙旗本众）等人，以药师寺贞春（和泉国人领主，原三好家摄津众）为先阵对暂时居住在本圀寺（本国寺，日莲宗大本山，山号“大光山”）的足利义昭发起攻击。
三好军从和泉国登陆之后，在二月七日先攻落倒向织田·足利家一方的家原城，城将雀部治兵卫、寺町左近将监等人因寡不敌众战死，城兵阵亡达二百余人。三好军随后获胜后连夜进袭，在二月九日夜里接近足利义昭所居住的本圀寺。当时留驻在本圀寺的共有明智光秀、细川藤贤、三渊藤英、织田左近、野村越中守、津田左马丞以及出身若狭国的知名勇士山县源内跟宇野弥七等人。足利义昭在得知三好三人众率军来袭后只好令细川藤贤、三渊藤英镇守本圀寺的总门，野村越中守在杜门警备。高槻城城将赤座永兼、森弥五八郎、坂井与右卫门等人也在日夜间率先前来救援，进入本圀寺内协防，足利义昭同时迅速派出使者向四方有力武将求援。
三好军在包围本圀寺后，三好长逸与三好政康率三千余军势进攻本圀寺北面，岩成友通率领一千五百余军势进攻本圀寺的西侧，三好康长率领三千余军势进攻东侧。同时，三好军各部也在本圀寺的外围四处放火，本圀寺内的守军也一度开门与三好长逸部进行交锋。药师寺贞春作为三好方的先阵曾数次冲击本圀寺的守军，就连山县源内与宇野弥七也奋战至力尽，先后死在三好军的长枪之下。三好军几乎攻入寺内，尽管局面相当混乱，本圀寺的守军还曾利用弓箭或铁炮，一轮击毙敌军三十余人，战斗过程非常激烈，铁炮的声音几乎震动京都大部分地区，但是经过了几回反复的交战，双方都未见胜败。三好方只好寝反了高槻城城主入江春景，派遣三好政胜与三好长胜率军进入高槻城，试图牵制池田胜正与伊丹亲兴等京畿有力武将，使得他们无法成功率军救援本圀寺。
二月八日，在得知三好军进攻本圀寺的三好义继随即率领三千余军势进行救援。同时，织田·足利方势力的细川藤孝、荒木村重、池田胜正、伊丹亲兴等国人领主们迅速云集，池田胜正、伊丹亲兴等人虽然被妨碍，但是却另取小路与三好义继等人的军势合流，三好义继等人试图从后方进迫桂川畔的三好军本阵，三好义继等人分成三阵，池田胜正与伊丹亲兴自西进攻，三好义继自南进攻，本圀寺守军由北边进攻。但是，三好三人众一方也将兵力一分为二，三好长逸与三好政康持续进攻本圀寺，三好康长与岩成友通则率军前往桂川跟三好义继等人交战，并顺利击退三好义继与池田胜正这两路军势，池田胜正无奈之下只好退守池田城，三好义继则被迫转往洛西山收拢残部，在大战中甚至有三好义继被讨死的传闻。
三好义继、池田胜正等部虽然被三好三人众一方击退后，但是细川藤孝部依然在继续奋战着，而伊丹亲兴则直扑三好长逸与三好政康所在的三好军本阵。双方展开激战后，伊丹军阵战死达百余人，但是伊丹亲兴依然奋战不懈，本圀寺的守军在细川藤贤、三渊藤英等人的率领下主动开门出战救援伊丹亲兴，双方里应外合下顺利击溃了三好军的本阵，三好长逸与三好政康被迫退往伏见、鸟羽一带，三好军被讨死达两千七百余人。细川藤孝、伊丹亲兴、池田胜正跟荒木村重在战胜之后，合流进入本圀寺。
虽然三好军只是暂时战败，但是三好长逸等人则担忧战事旷日费时，担心织田信长、浅井长政等有力大名即将率军来援，因此将军势分布在淀城、八幡、伏见等要地进行防备。伊丹亲兴战后因负伤