织田信长随后派遣家臣佐久间信盛、木下藤吉郎（木下秀吉）、丹羽长秀、浅井政贞（尾张浅井氏）等人攻打箕作城。木下藤吉郎部两千三百余军势部署在箕作城北面，丹羽长秀部三千余军势部署在箕作城东面，以佐久间盛次和蜂须贺正胜担任先阵攻城，德川军的松平信一也参加了先阵与织田军一同攻城。随后，箕作城城将吉田重高、建部秀明虽然意图顽强抵抗，以弓矢、洋槍铁炮攻击织田军，却还是被织田军攻破了大手门，德川家家臣松平信一率先率军攻入城内，紧随其后的便是林通氏（丹羽长秀家臣）、佐久间盛次（佐久间信盛之弟）、竹中重治、木村重茲等人一同攻入城中共同立下了一番乘之功，被编入木下藤吉郎部的前田利家也率先冲阵杀敌，讨取城将建部日向守立下了一番首之功，箕作城在当天半夜遭到攻陷，城主建部贤文、城将建部秀明、吉田重高等人率残部突围逃亡，城将建部寿德在投降织田军后被编入丹羽长秀部效力，箕作城城兵被讨死达五百余人。和田山城在得知箕作城在短时间内被织田军攻落后，城兵惊恐万分，尚未与织田军交战便开始大量逃亡了。织田军并没有像六角义贤、六角义治父子二人所预想的那样将兵力分成十八份。
观音寺城内坐镇的六角义贤、六角义治父子二人在发现织田军主力已经转移后，立即出城袭击坂井政尚部，结果却被坂井政尚所击退，坂井政尚之子坂井久藏在此战中奋战有功，随后获得了织田信长和足利义昭赐下感状嘉奖。德川家臣松平信一在箕作城陷落的第二天，因为作战勇猛而获得织田信长的褒奖，之后织田信长还赏赐桐纹革胴服给他。丹羽长秀家臣林通氏也同样因为作战勇猛，获得织田信长赐下的感状褒奖。
在箕作城陷落后不久，织田信长便将本阵设在了箕作山中，并且于翌日对六角家的本据观音寺城发起了总攻，六角义贤、六角义治父子二人自知六角军士气低落、寡不敌众，难以抵挡织田军的兵锋，随即放弃本据观音寺城逃亡，轻车熟路的走了祖先的老路，准备跑到深山老林之中与织田军展开游击战。随后，六角义贤、六角义治父子二人便逃往甲贺郡，甚至还一度逃往伊贺国躲避织田军的兵锋。但是，令六角义贤、六角义治父子二人没有想到的是，如今的局势再也不像当初六角高赖那样拖着耗着就能解决的了。那时的六角家面对的敌人是孱弱的室町幕府，而如今六角家的敌人却是新崛起的织田信长，所以直到织田家灭亡后六角家都没能恢复旧领。
在观音寺城被织田军攻落后不久，六角家重臣蒲生贤秀还在居城日野音羽城继续笼城死守抵挡织田军。但是，织田信长并不打算对日野音羽城发起攻击，随即派遣与蒲生家有姻亲关系的神户具盛（原六角家家臣，蒲生定秀女婿，神户氏总领七代目，接受织田信长之子织田信孝为婿养子）前去劝降蒲生贤秀（蒲生定秀之子）。在神户具盛的劝说下，蒲生贤秀放弃了抵抗，交出其子蒲生鹤千代（蒲生氏乡）为人质，投降织田家。就在近江守护代家蒲生家投降织田军后，南近江便很快被织田军顺利平定下来，从而减少了伤亡和节省了更多的时间。
而长光寺城、八幡山城、箕作城、和田山城、佐生城、荒神山城、目贺田城、高取城、敏满寺城、山崎城、田山城等观音寺城周边的十八座城池兵砦先后被织田军攻陷或是劝降，六角家中有力家臣进藤贤盛、后藤高治、永原重康、平井定武、青地茂纲、永田景弘、加贺美兵部少辅（井上兵部少辅、各务兵部少辅，六角氏分家）、池田景雄、宮木贤祐（观音寺城奉行众之一）、山崎片家、山冈景隆、小川祐忠等人先后投降织田家。织田信长在平定了南近江后才得知为何当初六角义贤、六角义治父子在谈判之时那么傲气了，原来有着执三好家牛耳的三好三人众作为后盾。
在听闻六角义贤、六角义治父子二人转往鲶江城笼城死守后，织田信长便让浅井长政率六千余军势进入箕作城、观音寺城驻守，以防止六角家的反扑。织田信长在迅速击败六角家后，派遣家臣不破光治为使者返回美浓立政寺内向足利义昭报捷，并且迎接足利义昭出兵参阵。
十一月二十日，织田信长与足利义昭进入琵琶湖的三井寺，而织田·浅井联军则是在大津的松本、马场等地布阵，之后以三井寺内的光净院作为足利义昭的暂时居所。随后，织田信长便率大军正式往京都进发，准备与三好家展开作战。