在对外扩张的同时，南部晴政也从南部安信那里继承了三户南部氏的当主之位，且因一直以来的本城圣寿寺馆在天文八年烧毁，晴政便将本城迁至了三户城。
十五世纪末期，三户氏的家臣大致分为“亲类”、“家子”、“老中”、“御内众”、“外样众”等；分家八户氏的家臣在天文年间则有“一家”、“亲类”、“御内五人老”、“小御内”、“外样”、“中间等”；另一分家九户氏的家臣也有“亲类”、“内众”等等。他们通过大致相同的编成手段，形成了各自的家臣团。
天文年间前期，南部安信分别将弟弟信房和信次配置于田子城西侧的石龟城和鹿角郡的毛马内城，并以此为苗字成立了石龟家和毛马内家，与田子家一起执行出击和警戒出羽安藤领的任务。另将一弟长义配置于奥州街道的要冲五户浅水城，成立南家，以此作为三户城北方的屏障。再加上出自于三户氏的庶家北家和东家等，三户氏通过创建有力的庶子家，构成了其家臣的主体，并以此作为与周边的斯波氏、安藤氏等势力对抗或平定领内动乱的骨干力量，这也是三户氏由一介国众向战国大名转化的契机。但任何事物都具有两面性，如弘治二年，南家与另一“亲类”北家间因斗贺村而起了纠纷。可见在建立有力庶子家的同时，如何解决家内纷争并更好地统御诸庶子家，又成了一个让人困扰的课题。
另外，在糠部郡内以“户”为地域单位的这些领主们以“户”作为其独立所领，拥有自己的家臣，再加上糠部郡面积较大，这些“户”的领主们的势力甚至可与其他分国拥有一郡的在地领主比肩。这些“户”的领主们所构成的“族缘”集团称作“一家”，虽然推举三户氏为他们的“家督”，但三户氏却不能把他们直接视作家臣，只不过是领主们依靠某种契约的集结在一起的结合体。
十六世纪前期的天文年间，南部氏的有力庶家北家、东家和南家及石川高信·信直父子、九户政实等逐渐取代一户氏和久慈氏成为进攻鹿角郡和岩手郡的主力。石川高信率领麾下的岩手众屡次入侵两郡，而且高信的嫡子南部信直（即南部氏第二十六代当主，石川高信的嫡子。此时尚称田子信直）于永禄八年与南部晴政的长女结婚，因晴政当时尚无儿子，所以指认信直为三户氏的继承人，并作为南部晴政的阵代出兵鹿角郡；而九户氏也在十五世纪末期，时任当主九户光政将居城迁至九户城，并通过将女儿嫁给久慈氏的结姻方式，将其纳为从属。
在田子氏（即石川氏）和九户氏的势力上升期，一户氏、久慈氏反而日趋没落。另外，根知城主八户氏在天文年间前期的三代当主治义、义继、胜义先后去世，且因胜义无子，便从一族新田氏入继了年仅五岁的彦次郎（幼名久松，即后来的八户政荣）继承当主之位，祖父新田盛政为其后见役，但另一一族田中宗祐为了篡夺当主之位而谋反，后被镇压。天文二十一年，七户庆胤入侵八户领；永禄七年、永禄十年八月、永禄十二年，四户的栉引氏多次入侵八户领，可谓内忧外患，造成了八户氏权力的严重衰退。由于四户氏和七户氏未与三户氏结姻，且无法通过对外战争扩大势力，所以只能在糠部郡内扩张。而从作为诸“户”家督的三户氏当主南部晴政的角度来看，上述纷争只是“一家”内部因领地纷争所引起的私战，自己无法擅自处置，命某方停止交战。永禄十年八月，彦次郎的亲父新田行政殁，次月，彦次郎获赐南部晴政的偏讳，取名八户政荣，可以说是以暂时从属于三户氏为代价换来了本家的存续。
进入永禄年间，北奥的争乱进一步激化。邻国出羽的下国安藤氏当主安藤爱季图谋向糠部郡渗透，并于永禄元年开始通过其从属国众·比内郡领主浅利则祐拉拢南部氏麾下的大汤氏、大里氏等鹿角众，以及津轻平贺郡代大光寺氏和浪冈御所的浪冈北畠氏。在进行了周全的准备后，永禄九年，安藤爱季纠合浅利氏、虾夷的蛎崎氏、出羽的由利众等共计五千人马入侵鹿角郡。三户氏当主南部晴政急忙派遣岩手众及有力庶子家的北家、东家、南家等迎击但败北；次年，在双方均付出不小的代价后，鹿角郡终被安藤氏占领，史称“鹿角大乱”。但是仅仅不到两个月，南部晴政便亲率大军夺回了鹿角郡大部。而安东爱季此次唯一的收获便是夺取了进出鹿角郡的桥头堡——土深井城。