神农命名断肠草之后，便继续开始自己的大业，有着三件宝物，他现在轻松很多。遍尝百草，他的足迹遍布一座座险恶的山峰，凡有奇花异草生长之处，必能见到神农氏的踪迹，在次历经百年的艰难旅程之后，神农氏带着满满的收获，回到了陈都。
回到陈都以后，神农按照自己几百年来对百草的尝试理解，神农氏便开始闭关整理自己这么年遍尝百草的所得，而因为有赭鞭的帮助，神农氏不仅仅辨别出了草药是否有毒，还根据其药性，写下了《神农本草经》此书。
《神农本草经》阐述了草木的毒、理、疗三品分类及其入药性能意义，药物方剂中的君、臣、佐、使、引地位和作用，还有药物的阴阳配合，寒、热、温、平四气，辛、甘、酸、苦、咸五味，以及药物的采造，药物使用的煎、煮、熬三法、药物与病症的关系，最后神农将那炼丹技巧等等也写在了上面。《神农本草经》乃是第一本关于药物与病理的系统书籍，开创了人类医学的先河。
《神农本草经》问世后，神农只觉心中空灵一片，心想自己大道将成，于是一边教导众人医药之术，一边着人去洪荒寻找贤人来接替那人族共主之位，自己好早日功德圆满。