武王尽量不去惊扰这座古老的名城，他将城市的管理权交给微子，并在城中部署了必要的军队，然后就退出去了。
周师主力和联军部队陆续赶到牧野。武王在此地临时建起一座神庙，把随军带来的祖先的神主安放神位上，举行了盛大的祭祖仪式。
祭祀时，武王手持象征王权的大白旗，上悬纣王的首级；太师姜尚持象征着方伯的小白旗，上悬两个王后的首级；王子旦持大钺，王子奭持小钺；军帅大夫们跟在后面依次而入神庙。
周人用一百名最邪恶的商人贵族的鲜血向祖先献祭。祭祀一共持续了五天，之后，联军就开始清剿京畿附近的顽固势力。
商朝的灭亡只是战争的开始，征服属国才是最艰苦的任务。商人在中原盘踞了六百年，属国众多且势力强大；那些属国多数都是亲附王朝、敌视周国的。由于商朝灭亡的速度太快，大多数敌国还没有做好战争准备。武王决定迅速出击，不给敌人以喘息时间。
武王发布作战命令，他把联军分成四部分：第一路由吕他率领征伐越戏方今河南巩县东南；第二路由侯来率领伐陈今河南淮阳；第三路由百弇率虎贲军伐韦今河南滑县南；第四路由陈本、百韦和新荒率领伐历、宣方和蜀；以上三个国家已经集结军队准备联合抗击周师，因此武王派出的军队也最多。
四月中旬之前，四路大军的行动即全部以胜利告终。武王又在牧野举行了向祖先献俘仪式。此时，京畿一带的顽固势力基本已被剿灭，王朝已经彻底失去了复辟的希望，武王于是离开牧野进入朝歌。
武王把以微子为首的殷商贵族召集起来说：“如果你们有人认为周国翦商是以下犯上、以臣犯君，那就大错特错了：周代商兴不过是遵循上天的意愿罢了。
“当武乙亵渎上天的时候，上天就开始厌弃殷商。百余年来，大商的祸乱连绵不断，就是因为受到上天的惩罚。商纣践踏刑律，听信我们奉献的邪恶妇人和巫师恶棍之言，收容逃亡的罪犯和奴隶，屠杀迫害忠义之士，yín_luàn堕落。他的行为根本配不上天子两个字，不过是个独夫民贼罢了。
“周人同样是上天的子孙。历代君主品德高尚，仁爱淳厚，任用贤人名士，并与民同欲。上天于是选择周人来诛杀独夫民贼，以大周来代替殷商来掌管天下。
“如果你们能够遵从上天的意志，就可以保有家族、封地和财产，与寡人共有天下；否则的话，帝辛下场就是你们的结果。
“但是，即便是帝辛，寡人也不忍心断绝他的祭祀。寡人将贬斥他的王号，他的儿子武庚可以列为诸侯，以延续对殷商先君的祭祀。”
纣王的很多儿子都战死或者被处死了，武庚的运气之所以那么好，只是因为他不得宠，又很年轻，还没有机会和父亲一起堕落作恶。
武王这样安抚了商人之后就返回西周了。不久之后，他就对功臣大夫们进行了第一次大分封。