本来，西班牙人以为当时代表中国的明朝政府会报复，为此他们派人去澳门探听情况。
但万历皇帝却认为：在吕宋久居的商贾，不属于我们的百姓。海外纷争，到底是谁的责任还没有查清，更重要的是四民中商贾最贱，怎么能够为了贱民而发动战争呢。
1639年（明崇祯十二年），西班牙人强迫华人缴纳高价的身份证税和租税，遭到了反抗，西班牙人又再次集体屠杀华人。
此时的明朝政府很忙，崇祯帝正在下禁烟令，明令“嗜烟者死”；陕西、河南、山东等地发生蝗害、旱灾、大饥荒、人吃人。
李自成率50骑闯河南，饥民起义，聚众达50万；岳阳楼毁于战火；张献忠在湖北谷城起义反明。明廷无暇顾及海外事务。