正常的完整的一颗核桃，如果掉入水中，漂浮在水面上，那么，当核桃稳定下来后，核桃的芽眼的位置，一定是在核桃的一侧。芽眼与核桃尖儿组成的一条直线，是与水面接近平行的，如果核桃在水中摇晃，那么一般都是围绕这条轴线旋转。
当蚂蚁们钻开芽眼，将之作为核桃船唯一的出入口之后，这样一个漂浮状态，就会导致出入口距离水面太近，稍微有点风浪，就会让船只进水，这对船只和里面的船员来说是致命的。
蚂蚁们没有什么有效的排水手段，一旦积水过多，船只自重大于浮力，核桃船就会沉没。而积水本身也会对不喜欢水的蚂蚁造成威胁，一滴水珠都可能要了蚂蚁的命蚂蚁们一旦呗水珠困住，就很难摆脱水膜的表面张力。
在平静水湾里的试航行中，就暴露了这个容易进水的隐患，好在水湾比较平静，附近又有大量蚂蚁照应，试验船上才没出现什么损失。
想要避免进水，就要让出入口远离水面。人类世界的船只，无论是帆船还是后来的蒸汽动力船，通往船舱的通道都是开在甲板上冲向天空的。
主角也想借鉴这个设计，不过这就需要改变核桃在水中的重心，才能让核桃在水中“倒立”起来。
办法倒也简单，在核桃内部核桃尖儿的位置，放置并固定一些压舱石，就能让核桃在水中保持“倒立”的芽眼冲天的姿态。而且压舱石也能在一定程度上保证核桃船的姿态稳定。
在试装了一些压舱石并用蚁胶固定在船内后，蚂蚁们还按照主角要求，在核桃船朝上的出入口上方，用木材等搭建了一个斗笠状的小防雨棚，遮蔽住出入口，这样即便有小雨船舱内也不会进水。
万一出现一些进水，那就只能靠蚂蚁们用大颚将水分割成小水珠，再搬运到船外丢弃，这是非常简陋低效的排水方式。
这艘改造后的核桃船的再次试航中又暴露了新的问题。核桃船在水中由“卧姿”改为了“立姿”，虽然避免了进水问题，但船只重心的姿态的改变，导致现在的船只非常不稳定，有些较大的风就会剧烈摇摆。带着空间回到小时候
想要让船只移动，就必须让船只具备动力和转向力，之前主角已经考虑过很多人类船只的动力方式，比如风帆，比如船桨，比如舵，比如橹。
但是以蚂蚁的体型和力量，像划桨、螺旋桨、船舵等工具，都难以驱动，或者难以获得足够的动力与转向力，不足以对抗风力水流的阻力。
唯一能够借鉴的就是风帆啦，虽然主角只知道最原始的那种只能利用顺风航行的风帆，但也暂时够用了。
因为，一个好消息是，据飞骑士们的侦查，从大湖通往沼泽地，总体上是顺水逆风，而从沼泽地返回大湖，总体上是逆水顺风，而且水流不快。
最理想的情况就是，核桃船可以不张开风帆，借助水流一路漂到沼泽地去。而在返程时，则张开风帆，克服逆流的阻力，一路回返。
但这样的航行还不够保险，没有自主的动力始终是个隐患，而没有转向力更是不可行，无论是顺流还是逆流，无论是顺风还是逆风，都需要船只自身的转向力对航向进行修正，不然真成了“随波逐流”了。
主角也实验的做了一张大桨当做船舵，用绳索固定在核桃船外壳上，由出入口附近的六只蚂蚁负责操作。
但在试航中，这六只蚂蚁根本难以驾驭船舵，也难以快速改变船只前进方向。如果换更大的船舵，就需要更多蚂蚁操作，但相对安全的出入口位置无法站下更多蚂蚁，如果蚂蚁在核桃船外壳上操作船舵，又非常容易失足落水，那基本就是死路一条。
主角不得不放弃了传统的船舵等人类样式的转向工具和动力工具，开始以蚂蚁的方式来解决问题。
他最后受到飞骑士们的启发，想到了一个解决方案。
那就是给核桃船配备蜜蜂或苍蝇，由蜜蜂或苍蝇通过绳索牵引核桃船。