把卜加劳炮厂的事情安顿下来后，袁方就把建设炮厂后续的所有事项都交给了工部尚书王良逸去办。
他现在作为天下兵马大元帅、朝廷的首辅，每天都有很多的折子需要他批阅，为了便于自己处理公务，他又设立了两个办公机构，一个是处理军务的军机处，一个是处理事务的秘书处。
有了这两个机构，所有的折子先送这两个机构处理，然后再呈送袁方，这样，袁方就不必整天去批阅各地送来的折子了。
军机处就是袁方的司令部，军机处主任是叶廷桂，副主任是秦羽明。
秘书处是翰林院的文人组建的，其办公地点就在司礼监里面，废除太监以后，司礼监就空出来了，袁方本想保留司礼监的名称，文人们不干了，“不行不行，我们这这里办事，还叫司礼监，我们不成太监了吗？”
于是袁方给司礼监改了一个后现代的名称，叫秘书处，秘书处的主任是翰林院掌院、贵为太傅的陈演。
虽然设立军机处和秘书处，但是每天来袁方这里发表“治国方略”的人也不在少数，这些人大多都是吃饱饭没事干的言官。
这一天，袁方正在兵部大堂与百官议政，诚意伯刘孔昭进言：“给事中光时亨力阻南迁，致先帝身殒社稷，而身先从贼，为大逆之尤，罪当诛。”
这个光时亨虽然只是个小小的给事中，但他对明末崇祯朝的走向，甚至灭亡却起了至关重要的作用。光时亨在李自成攻陷大同后，力阻朱由检南迁，坚决主张固守京城，直接导致朱由检吊死在煤山，更可恨的是，这位言官在城破之后，就投降了李自成，在李自成那里混不下了又跑回南京。
对于刘孔昭的提议袁方当然是支持的，立判光时亨、周钟、武愫三人斩立决。
紧接着，刘孔昭又进言：“首辅大人，现在实行新政，必须要有严格的监督制度方可服人，因此，我有三条建议，请首辅大人认真考虑。一、吏部用人，必勋臣商确；二、各部行政，必勋臣面定；三、呈上图治，必勋臣召对。”
袁方道：“我们现在一直都是这样做的，你可以询问英国公。”
英国公张之极就坐在袁方的身边，他点头证实：“首辅大人所言为实，各部行政我都参与面定，召对之事乃国之大事，诚意伯就不必操心了！”
张之极位列三公，此时的地位可比刘孔昭高出许多，张之极都发话了，刘孔昭也就不敢再多言。
此时，吏科给事中章正宸上前说道：“首辅大人，用人当人尽其才，不可以门派取人。钱谦益早在天启年间就是翰林院编修，因受魏忠贤排挤而革职回乡。崇祯元年复职，官至礼部侍郎，是一位不可多得的人才。我就要问一声首辅大人，现在正是用人之际，为何不起用钱大人入朝为官？”
袁方反问：“他可有定策之功？”
钱谦益是拥立潞王朱常淓的主要策划人，现在是朱常润上位，他钱谦益何功之有？
章正宸无言以对，灰溜溜地退了下去。
章正宸下去了，又走出来一个给事中，这位是兵科给事中陈子龙。
他一上来就说道：“我们必须尽快与东敌通好。自东敌逆节，兵帑不解几三十年，中国虚耗，实为祸本。但以运逢百六，寓宅东南，国家事力难支两敌，而东敌会师杀贼，为我报仇，虽蓄谋难测，而执词甚正。因之通好，少纾目前，以便并力于西，此亦谋国之苦心也。”
他所说的东敌就是鞑子，西敌指的是李自成、张献忠的贼寇。这一番言论，是要从提“借虏平寇”的主张。
刚才下去的章正宸又走了出来，道：“而今，我江左形势视之晋、宋更为艰难，肩背腹心，三面受敌。念先帝、先后殉社稷之烈，念三百年生养黔黎尽为被发左衽，断宜以进取为第一义，不可再按兵不动。如进取不锐，联虏平贼，则守御必不坚。失今不治，转弭秋高，虏必控弦南指，饮马长、淮；而贼又驰突荆襄，顺流东下。瓦解已成，噬脐何及？””
章正宸这是要催促袁方尽早用兵。
袁方心中冷笑，如何用兵还用你们这些言官来指教？这些言官只是图嘴爽，成熟不足败事有余，只会“风闻言事”，大明的败落给这些言官是有很大的关系的。
袁方严厉地对两个言官道：“联虏平贼？难道你们都忘记了鞑子的残暴了吗？本座一再强调，提这样的主张是非常严重性的错误，你们还在本座面前大谈联虏平贼。我大明不要联虏平贼，而是应该联贼讨虏！”
陈子龙问：“此有何不同，都是联络一方打击另一方？”
袁方道：“首先我们一定要分清敌我。贼，是家贼，叛民，毕竟同气连理，我华夏百姓，大明子民，而虏是何人？边地叛军，对我百姓烧杀掠抢无恶不作，属于外寇，于情于理，都应该兄弟隙于墙而共御外侮！如果不能明鉴于此，出兵必败。其次，如今大明暗弱，失去了半壁江山，当近交远攻，方能起死回生。若我大明富强，当学大秦远交胡虏，猛攻闯贼；然现时我大明新败新立，人心惶惶，最是孱弱时节，如果联虏，必自讨没趣，成了别人屠宰的羔羊。”
陈子龙和章正宸不敢再言。
此时，又有户科给事中陆朗站出来弹劾刑部左侍郎徐石麒贪邪。
袁方问：“你说徐石麒贪邪，可有凭证？”
陆朗道：“下官作为言官，一时拿不出凭证，还请刑部彻查