正是在这种思想指导下，秦良玉编制的军队是独具一格的。他在编营号时以十二人为一队，四队为一哨，四哨为一官，四官为一总，四总为一营，基本上四进制（有时增至五进制）。不仅队为太极二你阵，哨、官、总也是为实行一种“阵”，即一头两翼一尾阵。后来又提出了“明活法”的编制思想，即营、司、哨、旗，每一级辖个下一级单位均可。第一，明军的传统编制没有和战斗队形结合起来；第二，明军的传统编制基本或上是五或十进制，如十小旗为百户所，十百户所为一千户所，五千户所为一卫。当然也不是截然不同，如一小旗十一人，只加一名火兵（伙夫）变成十二人（为一队），但其他各级就不一致了。这体现了秦将军所讲的“用法而不泥于法”，体现了他的创造性。
其次，便是他很是在意练令、练艺、练阵。练令。选好了兵，编成了队伍，配备了武器，军队已经组成，但还不能打仗，因为没有经过训练。他还说：“训练有备，兵之事也。”“战必以练兵为先。”“不唯战需练，亦必练而后能守。”又说：“凡司三军之上者，其责必曰‘练兵’。夫此‘练’字，即练丝者将生丝练熟，以织锦彩之练也。巧匠能练生丝使之熟，而将官乃不能练有知觉之民使之战，不亦愧于练丝者哉！古今名将用兵，未有无节制号令，不用金鼓旗幡而浪战百胜者。”“束伍既明，即当练习吾令。”古代指挥军队靠的是旌旗金鼓，所谓“夜战多火鼓，昼战多旌旗”。擂鼓要进，鸣金要止；旗指东则东，指西则西；有令则进，有禁则止。只有这样，全军步伐一致，万众一心，共同对敌，才能夺取战争胜利。不然，几千、几万军队毫无秩序，乱成一团，必定会吃败仗。那么怎样训练军队听从号令呢？他具体采取了以下一些办法：第一，令士兵记熟号令。他制定出旌旗金鼓号令的具体条款，刊印发给士兵。令每一队聚在一起，识字的人自己读，不识字的听识字的念诵解说，“务要记熟”，然后进行考核。如果一条记不下来，就要罚打一板；如果士兵犯了小过错，能背诵一条，就免打一板。这样就使士兵牢牢记住了这些号令。第二，绝对执行其号令。“凡操练对敌，决是字字依行。”“如擂鼓该进，就是前面有水有火，若擂鼓不住，便往水里火里也要前去。如鸣金该退，就是前面有金山银山，若鸣金不止，也要依令退回。”要求要绝对执行号令，但如果没有保证绝对执行号令的措施，依然是有令不行，有禁不止。因此措施是至关重要的。而他的措施很是简单，就是惩治。“如违误承接号令，而不误事，止于捆打；若因而误事者，军法从事。”可见这种惩治是相当严厉的，但如果不这样就不能做到绝对执行命令。那种不痛不痒地说几句下不为例的话，是不能做到令行禁止的。卫所军望敌崩溃，闻风而逃，就是因为有令不行，有禁不止。能运用旌旗、金鼓指挥部队，自古有之。”思就是“要指挥人数多的军队作战像指挥人数少的军队一样，这是通讯、指挥问题”。
不仅如此，我们秦将军的队伍在武器制式上，那都是统一用白蜡杆子作柄，所以这漫山遍野的白蜡杆子都被将军所征用。为了感谢我们山农对白蜡杆子的照料，除了无偿拔发我们白蜡虫以外，还有分给我们一些雇银，来保证我们每年都有收成。说到这里，这老农颇有点沾沾自得。秉忠听到这里心里也在想：看来这个秦将军是一个了不起的人物！不可小觑啊！依这老农无所言，怎么听都像是我跟师爷公叔仁曾经说过的那些想法一样的；只是当时只顾说说而已，从未付出过实践，真没想到，这天下居然有此妙人一个。