这天，小智一行人站在真新镇，花子和大木博士带领镇民们来为小智送行，石英大会即将开赛，小智他们也要开始出发了。
“小智，比赛要努力喔，等你过了淘汰赛妈妈会到现场给你加油”花子为小智整理了一下帽子。
“没问题妈妈，我会把冠军杯带回来给你。时间也不早了，我们也该出发了”小智告别了送别的镇民，朝着石英大会前进。
中午，他们在一块平坦的草原上休息，小刚和瑟蕾娜在一旁做饭，小霞，圣代和波克比在玩，而小智在给他的神奇宝贝进行护理。（小智带着皮卡丘，御三家，比比鸟和暴鲤龙）
“喂，那边的小鬼，神奇宝贝对决敢吗”这时一个头上扎着红色头巾的男生拿出一个神奇宝贝球后指着小智说道，看来是来挑战的。
“正好，我也想检查一下我的训练结果”小智想知道它们进步了多少，对战就是检验成果最好的办法，所以同意了那个人的挑战。
结果很明显，对方派出前三只神奇宝贝都被都被小智的比比鸟击败，最后恼羞成怒，一次放出三只神奇宝贝，被暴鲤龙破坏死光一扫，全部失去战斗能力。
“啊，我的天”，那个人看着一地自己的失去了战斗能力的神奇宝贝，抱着头喊道，然后就跑掉了。
“是对手太弱了”这时一旁吃着饭的小霞对着小刚说道。
“是小智太强了”瑟蕾娜对着小霞说。
“修行还不够”小刚也说出了自己的看法。
“好了啦，不要在意他，我们吃饭吧”小智立刻跑到餐桌边说道，他知道等一下应该有一只快龙过来。果然，等他们吃到一半的时候，突然一只快龙飞了过来，贴着桌子飞了过去，而小智他们的饭也就这样被打翻了。
“你干什么啊”小霞吃痛的爬起来对着一边的快龙喊道，但快龙只是递了一封信给小智。
“信”小刚好奇的问道。
接过信封，小智从里面拿出了一个卡片，然后就出现了一个影像“请原谅我突然给您这封信，你们几位是被认为最有前途的神奇宝贝训练家，所以想邀请各位参加我主人举办的最强神奇宝贝训练家聚会，地点是新岛————神奇宝贝城”然后人消失了，出现了一幅去新岛的地图。
“如果各位愿意前来，请在明信片上打勾，这是最强神奇宝贝训练家的邀请，请您务必参加”然后影像消失了。
“小智，怎么办？要去吗？会不会有危险”瑟蕾娜要问小智的意见，小霞在一旁抱怨快龙，而小刚被刚才的美丽小姐吸引住了。
“既然对方都邀请了，那怎么有不去的理由呢，我也想见识一下其他厉害的训练家”小智说道。
“那就在明信片的yes这里上打勾”小刚从小智手里接过明信片后说道。
看到自己的任务完成后，快龙就飞走了，去寻找下一个收信人。
在最靠近新岛的最近的城市的时候，天就突然下起了大雨，小智一行人只能朝着港口的等候大厅跑了过去。
“这是怎么回事？刚才天气明明很好的”终于到了港口的等候大厅，小霞一边给波克比擦雨水一边抱怨的说。
“海边的天气就是多变的”小刚也一边拧着衣服一边说。
“不要说了，我们还是快点把衣服弄干吧，免得感冒”小智马上拿出毛巾擦了擦。
“啊？我们的船停航了”这时就听到一个穿红色衣服的男生对着君莎小姐问到。
“那么我们就去不了新岛了”这时一位女生也说道。
然后一群人中就传来了“怎么会”“好不容易接到的邀请”之类的话。
“大家请安静，这位是港口负责人”这时君莎小姐说话了，指着一旁的蓝头发的女士说道。
“我是波伊佳，想了解海洋的情况，就去听听海浪的声音吧，不过也不需要去听了，你们看这么阴沉的天，这样的飓风还从来没见过，而且飓风就盘旋在新岛的正上方，我是不会让你们冒险的，这是身为港口守护者我的请求”这时蓝头发的女士说道。
“因此我们要停航”君莎小姐继续说道。
“不要紧，我的神奇宝贝不怕水，一定可以穿过这片海洋的”这是一边的穿蓝色衣服的稍微胖胖的男生说道。
“请等一下，连最了解海洋的我都说不可以”波依佳听后说道。
“没错，而且如果现在神奇宝贝受伤的话，也无法在神奇宝贝中心接受治疗”君莎小姐又说道。
“怎么回事”小刚不解的问道。
“神奇宝贝中心的乔伊小姐失踪了，乔伊小姐不在是无法对小精灵进行治疗的，那边的海报就是寻人启事”君莎小姐指着一边的海边解释说。
不过这根本无法阻挡训练家的热情。可以还是有人不听劝阻，那个红衣服的男生骑着一只比雕，那个女生乘着一只白海狮，而那个穿蓝衣服的男生则是骑着一只暴鲤龙朝着新岛出发了。
君莎小姐正想阻止，被蓝发女士拦住了“没用的，没有人能阻止训练家冒险，我们还是做好应急准备吧”
“好了，我们也走吧”小智带着他们走出大厅，到了海边。
“暴鲤龙出来吧”小智派出了暴鲤龙，然后小智一行人向新岛出发了。
虽然路上的海浪也非常的大，但是现在乘的是暴鲤龙，不是小木筏，所有稍微好一点的。如果遇到特别大的浪，就直接用破坏死光来个洞穿，过了不久，小智等人终于看到了新岛的建筑