离开大傻谷后，三人继续着旅行，在路上的一个神奇宝贝中心小智给大木博士打了一个电话。
“小智，那些化石盔，菊石兽和化石翼龙是你们在大傻谷里抓来的，那里面还有没有了”大木博士一接电话就开始询问小智。
“没错，是我们抓的，它们还好吧，而且大傻谷里剩余的都让他们沉睡了，我抓了联盟应该没意见吧”小智猜大木博士已经知道大傻谷出现了化石神奇宝贝。
“没问题，我说你是我安排的人，我会好好照顾它们，它们全都刚刚醒来，要经过一段时间的调养才能恢复过来，既然大傻谷剩余的都沉睡了，我们就不应该打扰，我会和联盟反应的”大木博士知道小智很关心神奇宝贝，这话让小智安下心来“小智，它们借我研究没问题吧”
“没问题，你只要帮我照顾好它们就行了”虽然大木博士研究神奇宝贝很尽心，但有时会不顾自己的危险，如果发现稀有的神奇宝贝，那他就会死缠烂打的黏着对方。好在大木博士有很强的神奇宝贝和我的五员老将，不会有太大的危险。
在神奇宝贝中心，波克比也在小霞的期待中诞生了。
“啊，好可爱，波克比你好啊”
“叫尅布哩~”波克比高兴的叫道，就这样小霞收服了波克比。
而这天，小智一行人继续向着红莲道馆前进，在路上碰到了一位大叔要求进行神奇宝贝的对决，小智当然是来者不拒。
“上吧，铁甲犀牛”大叔派出的神奇宝贝是铁甲犀牛。
“咦～是铁甲犀牛”瑟蕾娜惊呼到，在她那铁甲犀牛大都用来骑，而不是用来战斗。
“妙蛙种子，就决定是你了”小智看到大叔就知道到那个不可思议花园了，所以派出妙蛙种子。
“铁甲犀牛，使用猛撞攻击”大叔率先下令，然后铁甲犀牛就向着这边冲了过来。
“妙蛙种子，寄生种子，然后睡眠粉”看着铁甲犀牛向妙蛙种子撞了过去，小智对妙蛙种子下令，像这种横冲直撞的都是很好的活靶子。虽然妙蛙种子被撞飞，但寄生种子和睡眠粉成功命中铁甲犀牛，铁甲犀牛不断被吸收体力而且摇摇欲睡，寄生种子吸收体力补回妙蛙种子，妙蛙种子可以很快的恢复伤势。
“铁甲犀牛，振作啊”大叔没想到会是这种情况。
“妙蛙种子最后一击，飞叶快刀”妙蛙种子飞出许多叶子，铁甲犀牛因为被睡眠不能动，草系对地面系和岩石系效果拔群，而且还是加强版的飞叶快刀，铁甲犀牛直接失去了战斗能力。
“妙蛙种子干的好”小智跑过去摸了摸妙蛙种子说。
“哒奈~”可是就在这时，妙蛙种子痛苦的叫道
“妙蛙种子，你没事吧，难道是…我马上送你去神奇宝贝中心”小智看到妙蛙种子背上的种子开始发光，但很痛苦，小智知道它正在抗拒进化，所以就抱着妙蛙种子向神奇宝贝中心冲去。
“大伙，我们快去神奇宝贝中心”小霞也看到妙蛙种子一脸痛苦，也没说什麽，跟小智一起跑向神奇宝贝中心。
终于在傍晚，小智等人赶到了神奇宝贝中心，并且把它交给了乔伊小姐。
“你的妙蛙种子没事，只是出现进化的征兆罢了，不过看起来它好像在抗拒进化”在认真检查下，乔伊对在外等待着的小智说。
“它没事就好，进不进化我会跟他说明的”小智认为进化不进化都可以变强，只不过进化是变强的一个捷径。
“妙蛙种子进化之后会进化成妙蛙草，你们看”乔伊把小智等人带到窗户边，指着窗外说。
然后就听乔伊小姐说了妙蛙种子的传说，原来是到了某个时期，妙蛙种子就会从各处涌来，聚集在一块，举办进化的庆典。
“看来我们是迎接了重要的时刻了”小刚听到后发出感慨。
“看起来很有趣，进化是在哪里”圣代这时突然问道，不过也提起了大家的好奇之心，毕竟这是一大奇迹啊。
“在称为不思议花园的地方哦”乔伊笑着解释说。
“不思议花园”x4大家都没听过这个地方。
“到目前为止从来都没有人见过那个地方，所以甚至被认为是幻影呢”乔伊继续解释说。
“想要知道不思议花园在哪里，可以跟着妙蛙种子走就行了”这时小智的回答道。
吃过晚饭后，大家都没有休息，都在暗中观察妙蛙种子，想跟着妙蛙种子去不可思议花园，过了很长时间，小智看到了他的妙蛙种子出了门然后朝着花粉流动的方向去了。
“小霞，小刚，瑟蕾娜和圣代我们安静的跟着妙蛙种子走”小智立刻去喊醒小霞他们。
“嗯，我们出发吧”小刚同意到。
“这是什么”大家跟着跑了一段时间后，就看到四周突然出现了许多的藤蔓。
“你们看，藤蔓把前面的路堵塞起来了”圣代看着前方这时说道，毕竟前面就是不思议花园了。
“这里有个小洞，刚好够妙蛙种子进去，皮卡丘，你和杰尼龟先去，看着妙蛙种子，我们等一下就来。”小智担心妙蛙种子的安全，毕竟火箭队也会过来捣乱，所以先放杰尼龟和皮卡丘进去确认安全。他们慢慢在藤蔓完全堵塞前跳了过去，不过小霞她们女生运动能力没那么好，要看着点。
“我们走吧”皮卡丘带着杰尼龟进去了。
“好漂亮啊~”皮卡丘和杰尼龟看到下面平坦的草地上有好多妙蛙种子，然后妙蛙种子开