清军一系列的胜利，使大策凌墩多布很警觉，他怕清军抄起退路，进行了分兵。一部分准葛尔军驻守拉萨，自率主力向北搜索前进，妄图凭借骑兵优势打垮清北路军。
大策凌墩多布率领的准葛尔军，与清北路军交战了五次。准葛尔军五战五败，最终大策凌墩多布带领他的残兵败将500人狼狈逃窜，向藏西溃退，回返准葛尔。
1720年，葛尔弼与岳钟琪率南路军15000人从甘孜出发，向西藏攻击前进。他们与准葛尔军进行了多次的激战，与9月24日攻入拉萨。驻守拉萨的准葛尔军沿雅鲁藏布江西逃，北退伊犁。
得知清军获胜的消息，康熙皇帝皇帝笑容满面，立刻下旨道：赶紧让dl进拉萨，完成坐床典礼。
在康熙五十二年九月十五日，在布达拉宫隆重地举行了六世dl的坐床典礼。
典礼是极其隆重的。成千上万的喇嘛在布达拉宫门前匍匐叩首，诵经念佛。成千上万的藏族百姓穿着节日的盛装，载歌载舞，涌到布达拉宫前朝拜六世dl。
在会上，高兴异常的清朝使节宣读了康熙皇帝的诏书：从此以后，dl、bc既是西藏的宗教领袖，也是西藏行政权力的执掌者。dl负责治理前藏，bc负责治理后藏。
清军在西藏获得了空前的胜利，从此西藏的生活和生产步入正常的轨道。他们又按照康熙皇帝的旨意，又挥师新疆，招抚了准葛尔兵数千人。
清军占领西藏后，废除藏王，改组西藏地方政府，奉拉藏汗旧臣康济鼐等人分管藏区事务，在康熙皇帝的亲自关怀下，西藏的政教大权统一于dl六世。
1727年，清政府在西藏设立驻藏大臣，并派兵驻守前藏和后藏地区，命拉藏汗旧臣颇罗鼐总理全藏事务。
康熙皇帝现在心里很坦然，在自己的努力之下，西藏结束了政教争权的纷乱局面，西藏全境纳入清朝中央政府的直接管辖之下。在西藏陷入一片混乱的情况下，康熙皇帝排除主和派的干扰，坚定不移地一举粉碎了准葛尔部策旺阿拉布坦想占据西藏的阴谋。
康熙皇帝还理清了西藏佛教混乱的局面，确立了由dl、bc分别管理前、后藏，使中国西南部出现了一个较长时间的安定局面。
康熙皇帝高兴的脸色突然凝滞了，因为他想起了为西藏的安定而舍身忘死的清军将士们，他在闲暇时刻，脱去政务的繁重，作了一首《平藏将士》，以示对将士们的敬意。
可以说，西藏的平定，是康熙一生的主要政绩之一。