韦小宝挟持吴应熊，与建宁公主绕湖广返回京城。
途中，阿珂不听曼珠的阻止坚持要报复小宝。在追她而至的李自成，还有偶遇的郑克爽师徒的陪同下，找上小宝。
不久韦小宝又奉命去攻打与吴三桂和罗刹国勾结的神龙教，他率水陆大军浩浩荡荡地杀向辽东，但未到蛇岛，自己这位统兵大将就成了洪安通的俘虏。韦小宝身临险境，不得已故伎重演，企图一顿马屁骗过洪安通，却被关押起来，幸好双儿相救，趁机逃出神龙教，洪安通发觉后当即领人对韦小宝进行了追杀。
小宝策划政变，公主摄政女王
韦小宝和双儿慌不择路，一路向北来到鹿鼎山，误入了罗刹国军营，韦小宝害怕潜伏于营外的神龙教，便施展伶牙俐齿将正在这里巡视的罗刹国公主苏菲亚骗倒，随她一同去了罗刹国。苏菲亚返回莫斯科，正赶上罗刹沙皇病死，韦小宝最善浑水摸鱼，便凭着从戏文中学得的“安邦定国”计谋，帮助苏菲亚发动了一次成功政变，苏菲亚当上了摄政女王，韦小宝则因策划有功被封为远东伯爵。他心念故国，不久即借故带着罗刹使臣回到北京，清朝与罗刹使臣签订了和约而消除了罗刹国这一腹背之患，韦小宝则因议和有功被康熙降旨封为一等忠勇伯。
衣锦怀乡抱得美人归身份暴露忠义两难全。
吴三桂谋反在即，为了稳定天下，安抚民心，康熙命韦小宝赴扬州为史可法修建忠烈祠。韦小宝衣锦还乡，在扬州府衙宣读完圣旨，随即一人悄悄溜到丽春院去探望母亲，没想到在妓院却陷入了江湖人士的包围，他略施小计，以mí_yào将一干人迷倒，并将六位美貌女子－－洪教主夫人苏荃、沐王府的沐剑屏、方怡、陈圆圆的女儿阿珂、王屋派的曾柔以及自己的双儿一网打尽，收为己有。韦小宝香艳难舍之际，吴三桂已在云南起兵反叛，小宝被迫从扬州返回京城。江湖奇人神拳无敌归辛树夫妇因误杀天地会主脑吴六奇，抱憾不已，为此他们与天地会群雄商议，决定舍身入宫行刺康熙。韦小宝不忍见小玄子遇难，设计掩护。归辛树行刺不成，却将天地会行址和韦小宝身份暴露，康熙以重兵将天地会首脑聚集的韦小宝爵府包围，并命韦小宝戴罪立功，亲自回府捉拿天地会群雄，韦小宝不忍加害师父陈近南和天地会兄弟，将他们尽数救出，自己则畏罪潜逃出京。
鹿鼎公定和约封妻荫子韦小宝弃官逃隐姓埋名
韦小宝逃到距蛇岛不远的“通吃岛”，跟双儿等七个老婆一住数年。康熙顾念与韦小宝的少年友情，不仅没再派兵追杀，反而予以优惠照顾。罗刹国向东方的侵略渗透早已引起康熙的注意，平定西南、收复台湾的胜利使他坚定了向罗刹用兵、收复失地的决心，韦小宝去过莫斯科，粗通罗刹语言，又与罗刹摄政女王有露水姻缘，康熙便将他召回京城，册封他为鹿鼎公，抚远大将军，命他率兵向罗刹人作战。韦小宝见“小玄子”不再拿天地会一事与自己为难，欣然领命，携双儿前往鹿鼎山，按照康熙的既定战略一路杀去，连连得手，最后“尿射鹿鼎山”，一举将罗刹军队击败，迫使罗刹使臣坐在谈判桌前签定了和约。韦小宝取得了军事和外交双重胜利，凯旋而归，封妻荫子，权势与荣华达到顶峰，但不久麻烦又起，康熙命他去剿灭反清的天地会，天地会众弟兄要他继承师父陈近南的遗志，担任总舵主，继续与满清作对为敌，韦小宝眼见忠义难以两全，只有弃官而逃。他打着回乡探母名义，领着七个老婆回到扬州，与母亲韦春花会合，隐姓埋名，择地而居。康熙见韦小宝久不回京，着即派人四处查找，又亲自六下江南寻访。但终是石沉大海，杳无音信，自此世上不复有奇人韦小宝矣。
康熙是《鹿鼎记》的又一个主人公，有人甚至说他是“真正的主人公”。康熙和韦小宝这两个形象可以对比来看。在《鹿鼎记》中，康熙作为满族皇帝的形象，比以前小说中的异族皇帝的形象又有了进展，塑造得非常成功。这个康熙是精明强干、宽厚仁慈，基本上是当成一个正面的英雄来写的。康熙和韦小宝之间的关系写得非常复杂，不是简单的君臣关系，也不是简单的敌我关系，也不是简单的兄弟关系，都有。两个人谁都不知道彼此真实的身份的时候，两个赤裸裸的生命在一起的时候，产生了真挚的友谊。两个小孩，你不知道我是混进来的假太监，我不知道你是皇帝，两个人就打架、摔跤，毫无顾忌，打伤就打伤，打疼就打疼，产生了真实的友谊。那个时候，他们一个叫小桂子，一个叫小玄子。这个友谊持续了他们的终生，他们后来不论产生了多么紧张的敌对关系，韦小宝犯下滔天大罪，以致康熙要杀他的时候，都想起他们少年时候的友谊。有一次眼看康熙就要大怒了，韦小宝赶快跪下，他跪下并没有说“臣罪该万死”之类的话，他说的非常巧妙，他说:“小桂子投降，请小玄子饶命!”(第四十三回)这一句话就打动了康熙的心，一下子又回到那个少年的时代，他怎么忍心杀掉少年时代的朋友呢。而对康熙这样一个皇帝来说，他没有朋友，当皇帝的人是没有朋友的，越精明强干的人，就越没有朋友，他唯一的朋友就是小时候和他一起无拘无束地摔跤的小桂子，人的真性情就在这一刹那流露出来了，于是他就饶恕了韦小宝。
小桂子和小玄