缸中之脑在小说中显性的提出了三次，隐性的提出了若干次。
显性的有：假文殊事件，陈步升事件，本源讨论事件。
隐性的有：第一季整体是一本书事件，周源口中多次的“山上有座庙”事件，以及张驰航的时间循环事件。
而从行文上来看，实际上是先出现第一个隐性的缸中之脑事件（整个第一季是一本书），比较隐晦的提出第一季其实是某种意义上的“缸中之脑”（仅仅是类似），在这里有两个小标记：第一个标记是，周源在失去灵魂之后口无遮拦，说自己和浩宁的世界有可能是一个十八线的小说作家笔下的一本书而已，当时被浩宁和刘帅嘲笑，但是在第二季开始就被证明了，确实是浩宁这个十八线小说作家写的。第二个标记是，第一季里面的浩宁遇到张驰航时，张驰航说的是“你和一个菩萨讨论逻辑？”而真实情况下，张驰航说的是“你还和一个菩萨讨论演技？”这个还字刘帅提醒过浩宁，由此也能看出，第一季确实是浩宁写的一本书。当然，浩宁当时并不觉得这个“还”字是多大的事情，随后才发现，这个还字，是一个发现张驰航循环时间的关键。
这个“还”字的现实中的人发现不了的小点，恰恰是后面小红等人提出的，书中的众神如何发现自己是书中的神，而不与现世的神搞混的一个关键点。小红对其的解读是“华夏文明”，而从刘帅与浩宁纠结这个“还”字来看，其实也有类似之处，那就是：现实中的人，知道实际情况是有个还字，而书中的没有这个还字的情况，只不过是浩宁犯得一个“小错误”，不值得修改。而书中的人物，仅仅知道没有还字的那句话是真理，是不承认有多一个“还”字这句话的可能的。
换句话说，现实中的人，知道书中言语之外的另一种可能。
这件事情，也从假文殊事件中，周源与假文殊的机锋中体现出来：假文殊虽然也有很深的佛法，但是它没有悟到缸中之脑的存在，也就是周源提到的艺术创作的“第四堵墙”，所以他面对《维摩诘经》的问题，只能回答书中的答案，而无法像周源一样回答“走着”这种答案。换句话说，假文殊在这里的关键问题是，他没有像刘帅一样，意识到那个“还”字的存在。
陈步升希望让周源帮他作假，以及李宇飞利用潘多拉金属给陈步升造了一个假的“缸中之脑”，实际上也是这样。不论是真实的陈步升，还是真实的李宇飞，在这里都有一个意图，那就是让自己所造的缸中之脑的那个人，陪着自己心爱的人，只有幸福，没有痛苦——注意，这个只有xx，没有xx的想象，用周源的话，便是剥夺了某种权利，实际上是自己的yù_wàng给对方造的缸中之脑。
这便是周源理解的缸中之脑的关键问题（为什么是周源理解？因为整本书除了周源，没人比他更在意这件事情了）：所谓缸中之脑的重点，在于缸中这个脑，是否有意识到自己还有别的选择的权利，以及是否还能够进行别的选择的行为。
周源如何能意识到这个问题呢？就是因为他曾经活在自己父母希望下的“缸中之脑”，除了做父母的乖宝宝之外，从来没有意识到有别的选择（周源之前对小黄片的反应，是大人们认为它不好，而不是自己不需要），也从来没有做自己的选择（哪怕自己不喜欢设计师这份工作，也只能选择失去灵魂而努力做好这份工作），在很长一段时间，人类形态的周源，以及圈神形态的周源，实际上都是活在这种“缸中之脑”之下的，而且并没有意识想要跳出来。
在随后整个人快崩溃的时候，周源利用自己的法力，给自己的父母设计了一套想象的“缸中之脑”，最终在“极乐净土”的双重作用下，导致自己父母灵魂的“重生”，这里的重生，实际上是两个重生，一个是周源父母，一个是周源本人。
小红在书中有一句话：周源是舟下心猿，之所以如此极端的孝顺父母，是因为《西游记》中孙悟空没有一天孝顺过父母，所以在现世才有如此过分的补偿行为。当然小红只是开玩笑的说，但从周源随后的表现来看，他正是自己的父母“重生”之后，才逐渐理解到自己和父母之间的真正关系，换言之，那时候的他，已经把孙悟空那个没有父母的那一世因果还清了，回到了与父母之间正常的，有自我选择的父母与子女的关系。
正因为周源在“缸中之脑”这件事情上经历了这么多，他才能够用那种对待陈步升的办法让陈步升悟到一个事实，两个人在一起，不是要用一个谎言嵌套另外一个谎言的，让对方活在自己的“缸中之脑”中的，如此陈步升才能勇敢的以自己的真实身份，面对界天师李宇飞，而随后陈步升才能面对李宇飞的不同生命形态，欣然接受——他明白一件事情，不论多么美丽的谎言，终究不过是“缸中之脑”，而自己已经经历过一次了，没必要再经历了。
当然，以上是周源的理解，所谓缸中之脑的本质，常人理解起来最可怕的是自己的脑子被魔鬼或者邪恶科学家拿去做实验，实际上这个命题的再深一层，却是透露着两个推论：意识不到自己不自由（没有别的选择），以及意识到自己不自由后也无法做自由选择（多种选择行为）。
这似乎比较难理解，沐雨用一个例子来解释好了：
多年前的一部电影：《黑客帝国》