其实杨小山的大军还未到达南京前，他就派出罗大纲等人潜入南京，联络会党收集城内情报。【】
目前南京的基本情况，杨小山已经掌握。陆建瀛这样怕死无能的人，杨小山并不担心，在他计划中城破是迟早的事，自己的责任就是尽量减少战士们的死亡，不要让他们在胜利前夕倒下。
为此，杨小山做了不少工作。他让潜伏进南京城的罗大纲对清军发动心理攻势，他们夜里在城里每家每户的墙壁画圈圈、三角、或者是一、二等数字暗号，第二天南京城立刻就军心不稳，之后又编出十日城破的流言，更弄得人心惶惶，坐卧不安。
趁着土营还在挖地道的空挡，他又派林凤祥从西天寺运来五百罗汉像放在雨花台，白天插旗、晚点灯，让几十人在周边呐喊助威，摆出菩萨阵引诱清兵发炮攻击，又浪费了他们不少弹药。
攻击前夜，杨小山又派出几百红衣骑士，一马一灯从南门向水西门方向奔驰，又成功勾引守城清军发炮轰击，其实这些骑士都是披着红衣的稻草人。
杨小山做了种种**阵后，终于打算在仪凤门发动总攻，给清军最后一击。
理论南京城要比武昌难攻，因为它全城周长九十六里，大概是武昌的三倍，防守的垛口是武昌的七倍，城外高山险峻，城内十三座城门，又有长江天险，自古都是易守难攻。
但此时的清军一来领导能力太差，没有得力的将领二来士兵人数太少，正规军不到一万人，加临时招募的乡勇，全部守军不到两万人，南京城越大反而破绽越多。现在的南京城，长江在太平军手，城外的险要在太平军手，仅凭城墙想防住太平军，几乎是不可能的。
这一天对于清军来说狼来的故事结束了，天刚刚蒙蒙亮，昨天刚刚挖好的地道内，太平军放入了几十个棺材炸弹。随着“轰”的一声，几乎是全大清最厚的城墙也被炸开了一个七米多长的口子。
杨小山考虑到武昌用的是陈玉成，作为平衡把这次首功交给了林凤祥，让他担任突击敢死队长。
林凤祥也是一员猛将，不由分说，带着三四百名敢死队员就冲了去。
此时大部分守城清军还在睡梦之中，直到听到巨大的爆炸声，得知城墙被毁，镇守仪凤门的总兵程三光这才意识到这次太平军是玩真的了。
“快快，快堵住缺口。”程总兵连忙披挂阵，他知道现在是生死时刻了。
好在这缺口不算大，程总兵第一时间用自己的亲兵顶住了林凤祥的敢死队。
林凤祥岂是轻易低头的人，他越战越勇，挥舞大刀接连砍下了几名清军小头目的脑袋。
陈总兵手下能打的人就是那么百来个人，随着时间的推移，他的亲兵消耗殆尽，眼看顶不住的时候，布政使祈宿藻带了一千士兵来援，让快要崩溃的程总兵缓了一口气。
“什么？长毛攻进来了？”陆钦差得到这个让他哀嚎的消息，他如坐针毡，“怎么办？这可怎么办？”陆建瀛慌得六神无主起来。
“大人，我们去满城躲一躲吧。”一名手下提议道。
“好好好，你们赶快备轿！”陆建瀛终于想起来，还有一座满城可以缓口气。
于是陆钦差坐着四人大轿，由数十名卫兵开路，逃向满城。
可等到他达到后，面对的是江宁将军祥厚的一张冰冷的脸。
“将军，快开门，长毛杀进来了。”陆钦差面对紧闭的满城城门，焦急地在城下大喊。
“陆大人，你怎么能跑到我们满人的地盘来？你的职责是守卫南京，这里不是你该来的地方。”祥厚根本没有给他开门的意思，他早看透了陆建瀛的无能，对外城防守没有信心，早就打起了弃外保内的打算。
他在满城囤积了大量物资军火粮草，把大炮密密麻麻地排满了城楼，率领数千八旗兵和满人兵勇妄图在满城死守。
“将军，长毛就在外面，放我进去，看在同僚一场的份，帮帮忙。”陆钦差已经顾不脸面，几乎是哀求道。
祥厚不愿理睬这怕死鬼，转过身去，吩咐道：“开炮，轰走他们！”
随着身边数声炮响，陆建瀛终于死心了，看来这祥厚是真不打算救自己了。只能让轿夫回头，去找布政使祁宿藻商量如何突围。
可还没走到太平门，就撞了杨小山带领的队伍。原来负责守卫太平门的祁宿藻去救程三光了，太平门城防薄弱。杨小山这次依旧是一处重点，多点开花的方针。
杨小山负责攻取的太平门被太平军轻易攻破，杨小山正带兵在城内会党的带领下，准备去满城呢，途中正好撞见了这位陆钦差。
四个轿夫一见太平军，立刻丢下轿子，四散逃命，而负责保护他的清兵也一哄而散，关键时刻竟五一人愿意给这位陆大人卖命，陆建瀛做人实在是失败之至。
“这位大人，请吧。”杨小山让士兵把陆建瀛从轿子里架出来，俘虏了这位南京城内最大的官。
很快，其他各门也纷纷报捷，陈玉成负责的水西门，李秀成负责的朝阳门，李开芳负责的正阳门也相继攻破。受到清兵强烈围堵的仪凤门，林凤祥也咬着牙连杀程三光和祁宿藻冲了进来。
杨小山各部开始肃清清兵，控制各条街道，终于在南京城内顺利会师。
死于此次战斗的清军文武官员又是一大串：前广西巡抚，城防局长邹鹤鸣、江南提督福珠洪阿、布政使祁宿藻、江南盐巡道涂文